當前，農林生物質發電行業面臨著稅收優惠政策違規風險。
行業當前享受稅收優惠政策是按《資源綜合利用企業所得稅優惠目錄》(財稅[2008]117號)(以下簡稱“所得稅優惠目錄”)和《資源綜合利用產品和勞務增值稅優惠目錄》(財稅[2015]78號)(以下簡稱“增值稅優惠目錄”)兩個文件執行。
從宏觀上看，這兩個政策目錄的行業涉及面很廣，而農林生物質發電行業處于所有資源綜合利用價值鏈的最末端，是生物質五種利用方式——“肥料化”“飼料化”“基料化”“原料化”“能源化”中前“四化”后不能再利用，且在“能源化”中擇優利用后不可再利用的剩余部分，它的第一功能是環保。由于兩個政策目錄沒有涵蓋行業所有可利用資源品種，造成地方執法部門普遍“生搬硬套”，導致行業存在極大的政策違規風險。
從微觀上看，農林生物質發電廠投資成本高、投資強度大、回收周期長，企業燃料成本普遍超過了經營保本的上限值。行業的上網電價是0.75元/千瓦時，各省基本電價在0.35-0.45元/千瓦時之間，補貼電價一般在項目投產兩年之后才開始結算，行業中幾乎所有企業都在高負債經營，沒有形成真正的良性循環。另外，農民收集農林廢棄物是不連續和臨時性的，季節性很強，而農林廢棄物不能作為免稅農產品開票，很大程度上挫敗了農民的積極性，很多農民被擋在收集和處理農林垃圾的“門外”，增加了收集難度。
從政策本身來看，兩個政策目錄對“農林廢棄物”品種的表述不一致。所得稅優惠目錄2008年出臺后再未進行修訂和完善。增值稅優惠目錄經過幾次修訂已比較完善，但對行業利用的農林廢棄物品種沒有全覆蓋。
由此建議：對上述兩個政策目錄同步修訂和完善，一是將農林生物質發電行業收集利用的農林廢棄物品種全部納入，并取消技術標準中對農林廢棄物的比例要求;二是統一兩個目錄對農林廢棄物品種的表述方式和內容。
同時，把農林廢棄物作為免稅農產品，讓農民享受免稅農產品的相關優惠政策，更大程度調動他們收集農林廢棄物的積極性。